木葉47年底。
戰爭以一種讓人難以想像的速度推進，木葉的戰地醫療水平有了突飛猛進的發展，又有著似乎是千手柱間和宇智波斑等等不知道誰的人在戰場上活動，勝利的天平開始往木葉的方向傾斜。
但就在這個時期，火影顧問志村團藏失蹤，被人發現的時候他已經死在了滿是木遁的實驗室里，最終他私下裡進行木遁實驗、利用根進行戰爭情報交易的秘密被挖掘出來，一時間木葉風雲變幻，幾個顧問也不得不暫避鋒芒。
就像是多米諾骨牌一樣，尚存的幾位顧問也先後被爆出了諸多黑料，秋道取風和轉寢小春在看到戰爭曙光的時候果斷辭職，水戶門炎遭到暗殺，留下三代火影猿飛日斬一人相當茫然地看著這個結果。
三代：發生什麼事了？
他經過思考，決定提前進行四代火影的推選，畢竟只有自己一個人，一旦遇到什麼情況，木葉就可能發生動亂。此時大蛇丸在他的實驗室里搞研究，綱手已經徹底退出，自來也在前線；波風水門也正帶著旗木卡卡西在戰場上，金色閃光的名望幾乎到達了頂峰。
與此同時出名的還有旗木卡卡西，他本來覺得自己是能繼承父親的名號的，結果因為雷遁用的太多，現在被叫做「雷切的卡卡西」，行吧，好像也沒有什麼區別。
野原琳在木葉的醫療班，以提前聯繫過的綱手的名義進行「更先進的」醫療忍術的推廣，暫時沒機會進行精細的操作教學，就以戰地上能使用且快速見效的處理方法為基礎，大大減少的傷員的死亡率，她的名望也水漲船高。
唯一幾乎消失的就是宇智波帶土，他懶得用自己的名義活動，就跟個幽靈一樣在戰場上遊蕩，今天自稱宇智波斑，明天自稱千手柱間，關鍵是這倆人的戰鬥方式他都確實會，他還有老頭子的鐮刀和千手柱間的木遁捲軸呢！
於是宇智波斑和千手柱間復活的消息越傳越開，這戰爭是根本沒法打下去了。
十一月。
霧隱再也忍受不了這樣的現狀，就採取用人柱力+尾獸襲擊的方式來進攻木葉，受害者是誰且不論，因為野原琳忙著搞醫療班教學沒來，宇智波帶土也沒關注這件事，等他們聽說的時候，木葉已經被襲擊了。
水門班：？
因為當時木葉跟雲隱爆發了異常激烈的戰爭，岩隱也想要決一死戰，霧隱這次幾乎是拼上全部來襲擊木葉，還真被他們成功了。
當時波風水門、自來也等人都在前線，九尾人柱力也沒能回援，霧隱不知道從哪裡得到村子防守薄弱的情報，讓暴走的三尾攻擊木葉，結果就是……
「三代火影重傷昏迷，大蛇丸挺身而出拯救木葉，並不得不暫時代理火影工作？哈？」
宇智波帶土看到情報的時候，滿腦袋都是問號。他火速趕到卡卡西和老師那裡，發現這件事竟然是真的，真的啊！
不是，大蛇丸，你不是在在做研究嗎，你怎麼忽然就當上火影了，不是說好讓老師讓火影嗎？
他回去找大蛇丸，看到大蛇丸正在火影樓里摸魚做他的實驗計算，發現有人進來的時候趕緊收起了他的研究數據，看到宇智波帶土才鬆了口氣。